植物生长调节剂和合成农药一样，具有一定的毒副作用，特别是食品安全问题，包括：造成残留，产生一定的毒性危害，如广普性植物生长调节剂丁酰肼（比九）可以作矮化剂、坐果剂、生根剂和保鲜剂，但研究发现其水解产物二甲基联氨是一种潜在的致癌物，引起了广泛关注。乙烯利是一种促进植物释放乙烯，促进果实变色成熟，打破种子休眠，控制性别分化的生长长调节剂，但研究发现它对皮肤和眼睛具有剌激作用，对哺乳动物生殖细胞具有损伤作用，即具有潜在的致突变性。